如何复现实验

很多项目的实验都是建立在原有parts或者现有论文的基础上，进行组合、创新，所以复现实验是很重要的，它可以帮助验证项目每个部分的有效性，之后才能进行更多的组合和改进。
因为是在“复现”，所以基本操作和论文中描述的保持一致就可以。首先应该确定你想验证的元件的基因序列，可以从parts网站里摘取或者从论文正文、supplementary中找到。如果论文中没给完整序列，给的是基因的名字和来自的物种，上网搜索应该也可以找到对应的数据库和序列。设计质粒的时候要注意你所用的底盘生物和论文里的是否相同，防止基因表达不同带来的影响。然后仔细阅读论文确认它所用的实验方法，整理成protocol的形式便于参照。所需的实验仪器、材料需要特别注意，在租借实验室时应寻找有对应仪器的实验室，或者保证可以由外部公司帮忙完成。跟随论文的实验方法完成实验之后将数据与原文结果对比，如果不理想进行后续反思、修改和重复实验。

如何从复现别人的实验到转化为自己的成果

参加iGEM当然不能仅复现别人的论文，总要有自己的创新点，不论是从没有过的元件组合或者是直接设计新的元件，或者是对元件进行新的改进。
要有自己的成果首先要发现目前实验或者设计上的问题。
比如，在查阅论文时发现某个分子的研究较少，还没有确认能与其对接的蛋白，我们就可以通过Alphafold等进行新蛋白的改造和设计，制作一个新的biosensor元件。也可以从项目整体入手，也许别人从没想过用调节肠道微生物平衡治疗胃痛、抑郁，我们就可以创造一种新的解决问题的方法。
同时，在尝试复现实验时可能会发现一些问题，比如底盘生物的不同、表达量低、parts库里面目前没有，这也是创造新成果的好机会。比如 BNDS-China 2024 项目中对质粒 VFA0359-pDCA 进行了改造。此part文献中没有用 E. coli 作为底盘生物，但我们利用了 Jungle Express 系统使其第一次在 E. coli 中被表达。同时，在测试 iadCDE 基因时我们发现其文献所用质粒将 iadC、iadD、iadE 三段基因放在同一个 RBS 的下游。我们通过计算生物工具确认了其三段基因的表达量很低，所以对此质粒进行了改造，尝试在每段基因上游插入 RBS 以提高表达量。很多生物生产相关项目为提高产率会进行新的基因敲除等操作，这种对现有结果的分析和改进也属于自己的创新。

如何验证结果

验证结果需要通过实验数据来确定。要得到结果比较重要的一点是规划好实验的组别，想好应该有哪几个对照组，想好每次取样的时间等。
一般可以通过荧光蛋白等报告基因来验证生物传感器等系统的工作。可以用“0/1对照试验”等方式进行定性的验证，观察是否一组发光另一组不发光。也可以用荧光动力学分析或者分光光度计来进行更细致的测量，可以得到随时间变化荧光量、菌量的关系，计算出具体数值，得到曲线。生物生产相关项目一般会使用 HPLC 等确定是否成功产生了该物质。
对不同的物质也有不同的检测方式，一般参照论文里的方法和网络信息就可以了解到这种检测方式的 protocol，比如 BNDS-China 2024 项目中就使用了 Salkowski's Test 来检测植物激素吲哚乙酸（IAA）的存在。
此外，measurement 也是一个可以选择的金奖标准，如果你使用了比较新的检测方式来获得数据、验证结果，可以将它进行细节的记录，保证过程可重复，对实验和项目推进有较大意义，作为金奖标准的申请。

实验笔记

实验笔记虽然在评审中不会占很大比重，但是对整理实验数据、记录实验流程都很重要。最后写 Wiki 页时很多实验相关内容、图片都是来自实验笔记的日常记录，如果没有按时记录会发生最后的混乱，还有狂补实验笔记的过程，大家都不会想要经历的。
实验笔记分为两个部分，一个是实验笔记，记录每天都做了什么实验，还有一部分是 Protocol，记录不同实验的基本流程。

实验笔记

实验笔记格式可以参考下图，不需要写得很复杂，有基本的日期信息，所做的实验名称及所需材料和步骤。记清楚材料和步骤很重要，因为像 PCR 这样的实验不同轮次的引物、退火温度等都会有所不同，有良好的记录可以作为下次重复的参考使用。配图也是很重要的，图上所有东西都需要有清晰的解释和标记，因为很多结果图在最后的 Wiki Results 页面会需要使用。胶图的每个 lane 都是什么，长度，转化完的板子名称，胶回收每个质粒的名称和浓度，荧光动力学分析的每条线都代表什么都需要标清楚，也可以简短的做两句结果分析，方便后续 Wiki 写作。

(引物因为会很多很杂乱，处理有一个小方法，如下图，可以列一个表格，标记好每条引物的名称和是做什么用的，这样实验的时候好找)

实验笔记可以分几个不同的文档，而不是一个大文档包罗万象。比如每个模块/每个质粒都单独分一个文档，这样每个文档从构建到测试都是一个完整的过程，在写 Wiki 时候也更好找到相应的实验和结果。

Protocol

Protocol 的记录应该在设计实验阶段完成，主要包括所需材料，如何配置初始溶液，和真正的实验过程，甚至可以包含记录表格的例子，如下图。表述清晰，做到一个从没做过这个实验的队员可以理解并跟随，所以容易出错的小细节一定不要忘记写！这样会让后续实验变得轻松很多。

网站推荐：Benchling 是一个写实验笔记的好网站，但共享文档也可以，只要保证能插入图片和多人编辑。同时，推荐大家用飞书、企业微信等软件进行 iGEM 项目的相关交流，可以保证发出来的图片、文件不会过期。iGEM 是一个很长期的过程，选题阶段确定的文献可能到最后写 Wiki 要翻出来用，所有结果图也是，所以微信这种到时候要用发现过期了点不开就破防了!

最后重申重要的点：一定要每天记录好该日的实验记录！！！如果是队员记录的话可以比如：没记完不让离开实验室。不然最后会有很大的工作量和理不清楚的东西。