A Quick Introduction to Synthetic Biology

Wiki

简介

Team wiki不仅是iGEM评奖中最重要的部分之一,同时也是对一年来得到成果的记录以及对合成生物学社区的贡献。这一部分同时也需要大量的合作(艺术组、程序员、还有做实验的文案组)才能在美观性(最主要是工整清晰)和语言的严谨性上打动裁判。在judging handbook上对于"team wiki"的评分标准有五条:

  1. How well does the wiki communicate the team's project and their goals?
  2. Did the team clearly document their project and support their results with convincing experimental evidence?
  3. Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?
  4. Will the wiki be a compelling record of the team's project for future teams?
  5. Is the content (including text, images, and prior work from iGEM teams and other research groups) on the wiki properly referenced and cited?

值得注意的是,wiki除了影响"team wiki"这一项的评分之外,其内容也将直接影响judges对于"project",奖牌标准(例如engineering success),以及其他单项奖(除part外)的评分。因此虽然以上五条标准没有任何对于文字内容的要求,文案也还是很重要的!

接下来的部分会从不同角度来说明如何做出一个好的wiki,同时会在需要的时候提到上述评分标准以解释为什么要这么做。

Wiki中不能没有图,就像西方不能没有耶路撒冷...... 以BNDS-China 2024(Best Wiki Nominee)举例,其wiki中有实验结果图(包括湿实验的照片、湿实验的数据、干实验的模拟、还有HP问卷得到的数据)、设计图(包括项目的整体逻辑、合成通路的可视化、以及质粒的设计)、和记录性质的照片(来证明HP和Education真的做了)。

定量数据图

为了将定量数据变得直观,可以选择相应类型的figures来展示到wiki上。比如说若选了part collection单项,则可以用柱状图来横向对比每个part(例如抗菌肽)在同一个指标(例如细菌死亡率)上的表现。

推荐使用Graphpad Prism作为这类图的制图软件(因为好看),教程和安装方法在网上有。若需要,可以先在Excel中完成对数据的预处理(例如计算死亡率)并排版好,然后直接选中一块区域复制到软件中。iGEM十分注重对于误差的处理,所以尽可能在图上加入error bar来说明两组数据间的统计学显著性(对应评分标准2. Did the team clearly document their project and support their results with convincing experimental evidence?)。

设计图

好的figure可以让别人在不阅读大段文字的情况下搞明白队伍的实验设计。推荐使用biorender网站来制作这类图,它自带的素材库可以省去自己画的功夫,同时也更加严谨美观。

对于质粒设计图,风格需要尽量统一,都使用标准的记号来表示各个基因元件,通过促进和抑制箭头来把多个operon之间的逻辑理清。进阶一点的话,可以将项目不同部分的parts用不同的颜色表示。例如BNDS-China 2024统一用深蓝色表示food detection部分,用粉色表示beneficial metabolite detection部分,用紫色表示beneficial metabolite production部分,这样在表示整体逻辑时,颜色就比不同启动子的名称更加方便记忆(对应评分标准3. Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?)。

照片

实验结果的照片当然不可能是拍了即用的,需要加上适当的文字标注和形状来引导人们关注重要的信息。例如两组菌荧光强度的定性对比,就需要标上每个管或者板子里分别是什么菌。再例如跑胶的图则需要标注marker各条带的长度和每个上样孔的样品。这些处理可以在biorender网站或者adobe illustrator中完成。

配色(除照片外)

所有图中的颜色推荐以饱和度低的颜色为主,同一张图中的不同颜色需要有区分度。

图例

图片下面的figure legend需要包括图片编号,对图片内容的一句话概括,和必要的引用。注意biorender网站对于引用的要求如下:

"If you’re creating BioRender figures not intended for journal or textbook publishing (e.g., for a thesis, website, or social media), please use the citation: Created with BioRender.com."

(How to cite your BioRender figure. (2025, February 7). BioRender Help. https://help.biorender.com/hc/en-gb/articles/17605511350685-How-to-cite-your-BioRender-figure)

因此只要使用了网站提供的任何素材,就必须引用(对应评分标准5. Is the content on the wiki properly referenced and cited?)。

注意文字的严谨准确性。Judge毕竟也是科学领域的专家,科学性错误肯定能看出来(例如说某细菌内源蛋白的nuclear domain,或者没做统计学检验就说xxx is significantly more effective)。建议每个队员写的部分都至少让另外的人review一下。

记得in-text citation,以及在每个page最后有一个这一页citation汇总(对应评分标准5. Is the content on the wiki properly referenced and cited?)。

每个Figure都需要在文字部分出现至少一次。格式可以是 "xxxx (Figure 1)." 或者 "xxx, as shown in Figure 1."

其他(表格、文件等)

为了将队伍的项目记录得更加完整全面,有时需要插入表格或文件到wiki中。表格可以通过制表的语法内嵌在页面中,也可以截图之后以图片的形式上传,推荐前者因为更好看(

文件可以是队伍HP或education项目的记录(例如对公众讲解项目时的ppt)。通过这种把材料直接post上来的方式,文件也可以为后续队伍进行HP或education提供参考(对应评分标准4. Will the wiki be a compelling record of the team's project for future teams?)。

代码

Team wiki最终要用html语言上传到iGEM的Gitlab上。为了使这一过程变得方便以及减少格式错误,推荐wiki撰写的队员学习并使用markdown格式(贼简单。真的。这篇文章就是用markdown写的,而本文作者此前唯一的markdown经历就是花一分钟看了个教程),并从一开始就按照markdown格式保存和编辑。这样到了最后直接转码html就会方便得多。

iGEM提供的代码框架中包括了网页右上方的page finder,但是一页中不同部分也需要合适的目录。可以把大标题汇总集中在页面左边并点击跳转(对应评分标准3. Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?)。

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