简介
Team wiki不仅是iGEM评奖中最重要的部分之一,同时也是对一年来得到成果的记录以及对合成生物学社区的贡献。这一部分同时也需要大量的合作(艺术组、程序员、还有做实验的文案组)才能在美观性(最主要是工整清晰)和语言的严谨性上打动裁判。在judging handbook上对于"team wiki"的评分标准有五条:
- How well does the wiki communicate the team's project and their goals?
- Did the team clearly document their project and support their results with convincing experimental evidence?
- Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?
- Will the wiki be a compelling record of the team's project for future teams?
- Is the content (including text, images, and prior work from iGEM teams and other research groups) on the wiki properly referenced and cited?
值得注意的是,wiki除了影响"team wiki"这一项的评分之外,其内容也将直接影响judges对于"project",奖牌标准(例如engineering success),以及其他单项奖(除part外)的评分。因此虽然以上五条标准没有任何对于文字内容的要求,文案也还是很重要的!
接下来的部分会从不同角度来说明如何做出一个好的wiki,同时会在需要的时候提到上述评分标准以解释为什么要这么做。
图
Wiki中不能没有图,就像西方不能没有耶路撒冷...... 以BNDS-China 2024(Best Wiki Nominee)举例,其wiki中有实验结果图(包括湿实验的照片、湿实验的数据、干实验的模拟、还有HP问卷得到的数据)、设计图(包括项目的整体逻辑、合成通路的可视化、以及质粒的设计)、和记录性质的照片(来证明HP和Education真的做了)。
定量数据图
为了将定量数据变得直观,可以选择相应类型的figures来展示到wiki上。比如说若选了part collection单项,则可以用柱状图来横向对比每个part(例如抗菌肽)在同一个指标(例如细菌死亡率)上的表现。
推荐使用Graphpad Prism作为这类图的制图软件(因为好看),教程和安装方法在网上有。若需要,可以先在Excel中完成对数据的预处理(例如计算死亡率)并排版好,然后直接选中一块区域复制到软件中。iGEM十分注重对于误差的处理,所以尽可能在图上加入error bar来说明两组数据间的统计学显著性(对应评分标准2. Did the team clearly document their project and support their results with convincing experimental evidence?)。
设计图
好的figure可以让别人在不阅读大段文字的情况下搞明白队伍的实验设计。推荐使用biorender网站来制作这类图,它自带的素材库可以省去自己画的功夫,同时也更加严谨美观。
对于质粒设计图,风格需要尽量统一,都使用标准的记号来表示各个基因元件,通过促进和抑制箭头来把多个operon之间的逻辑理清。进阶一点的话,可以将项目不同部分的parts用不同的颜色表示。例如BNDS-China 2024统一用深蓝色表示food detection部分,用粉色表示beneficial metabolite detection部分,用紫色表示beneficial metabolite production部分,这样在表示整体逻辑时,颜色就比不同启动子的名称更加方便记忆(对应评分标准3. Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?)。
照片
实验结果的照片当然不可能是拍了即用的,需要加上适当的文字标注和形状来引导人们关注重要的信息。例如两组菌荧光强度的定性对比,就需要标上每个管或者板子里分别是什么菌。再例如跑胶的图则需要标注marker各条带的长度和每个上样孔的样品。这些处理可以在biorender网站或者adobe illustrator中完成。
配色(除照片外)
所有图中的颜色推荐以饱和度低的颜色为主,同一张图中的不同颜色需要有区分度。
图例
图片下面的figure legend需要包括图片编号,对图片内容的一句话概括,和必要的引用。注意biorender网站对于引用的要求如下:
"If you’re creating BioRender figures not intended for journal or textbook publishing (e.g., for a thesis, website, or social media), please use the citation: Created with BioRender.com."
(How to cite your BioRender figure. (2025, February 7). BioRender Help. https://help.biorender.com/hc/en-gb/articles/17605511350685-How-to-cite-your-BioRender-figure)
因此只要使用了网站提供的任何素材,就必须引用(对应评分标准5. Is the content on the wiki properly referenced and cited?)。
文
注意文字的严谨准确性。Judge毕竟也是科学领域的专家,科学性错误肯定能看出来(例如说某细菌内源蛋白的nuclear domain,或者没做统计学检验就说xxx is significantly more effective)。建议每个队员写的部分都至少让另外的人review一下。
记得in-text citation,以及在每个page最后有一个这一页citation汇总(对应评分标准5. Is the content on the wiki properly referenced and cited?)。
每个Figure都需要在文字部分出现至少一次。格式可以是 "xxxx (Figure 1)." 或者 "xxx, as shown in Figure 1." 。
其他(表格、文件等)
为了将队伍的项目记录得更加完整全面,有时需要插入表格或文件到wiki中。表格可以通过制表的语法内嵌在页面中,也可以截图之后以图片的形式上传,推荐前者因为更好看(
文件可以是队伍HP或education项目的记录(例如对公众讲解项目时的ppt)。通过这种把材料直接post上来的方式,文件也可以为后续队伍进行HP或education提供参考(对应评分标准4. Will the wiki be a compelling record of the team's project for future teams?)。
代码
Team wiki最终要用html语言上传到iGEM的Gitlab上。为了使这一过程变得方便以及减少格式错误,推荐wiki撰写的队员学习并使用markdown格式(贼简单。真的。这篇文章就是用markdown写的,而本文作者此前唯一的markdown经历就是花一分钟看了个教程),并从一开始就按照markdown格式保存和编辑。这样到了最后直接转码html就会方便得多。
iGEM提供的代码框架中包括了网页右上方的page finder,但是一页中不同部分也需要合适的目录。可以把大标题汇总集中在页面左边并点击跳转(对应评分标准3. Does the design of the wiki support visitors in finding and understanding the content?)。