2025.3.16更新
优化了热图脚本，添加了一键准备盒子参数，升级为Vina1.2.7
此文章假设你已安装好
- ADFR并添加到PATH
- Autodock Tool
- Python3并添加到PATH
- 工具包 点击下载
此文章假设你已准备好
- 蛋白PDB文件
- 3D小分子mol2文件
- 打开显示文件后缀
本文章不适合
- 蛋白与小分子中有金属离子（如Zn等）
请注意
- 文件路径及文件名不要有非英文，数字，下划线，横杠以外的字符
工作目录准备
在一个全英文，数字与非特殊符号的路径解压工具包
受体准备
1 将所有蛋白PDB文件去水与配体
2 将去水去配体后的蛋白放入receptor文件夹，双击批量准备蛋白.bat
3 使用全域对接盒子参数生成.py生成配置文件（如局域对接可使用ADT获得盒子后自行修改）
配体准备
1 将小分子mol2文件全部复制进ligand文件夹
2 双击准备小分子.bat //注：ADFR默认会合并非极性氢，你可以选择在脚本中添加 -U ""保留全氢
运行
在工作目录中双击dock.bat，即开始运行
工作目录中的results文件夹存储着运行结果，命名规则为蛋白_小分子.txt/.pdbqt
结果分析
双击1提取rank1自由能.bat即可一键获取批量对接中的所有自由能
讲2获取heatmap.py中的目录改为自己工作目录，使用python运行即可获得热图