此文章假设你已安装好

• Autodock-Vina
• AutodockTool
• PyMOL

此文章假设你已准备好

• 蛋白PDB文件
• 3D小分子PDB/mol2文件
• 打开显示文件后缀

本文章不适合

• 蛋白与小分子中有金属离子（如Zn等）

请注意

• 蛋白，小分子文件路径及文件名不要有非英文，数字，下划线，横杠以外的字符

全流程视频

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工作目录准备

在一个全英文，数字与非特殊符号的路径下建立文件夹，将Vina.exe复制进该文件夹，新建一个文本文档并重命名为conf.txt

受体准备

1 使用pymol中的Sequence工具删除蛋白中的水，配体与离子

2 将蛋白PDB文件拖入AutoDockTools框内

3 在Edit-Hydrogens-Add中直接点击OK添加全氢

4 在Edit-Misc-Check for Missing Atoms中检查是否有缺失原子

• 如有，点击 Select All Residues，点击Dismiss,之后点击Edit-Misc-Repair Missing Atoms 进行修补
• 如没有，直接Dismiss即可

5 在Grid-Macromolecule-Choose中选择受体分子，稍等ADT进行处理，重命名为protein.pdbqt保存至工作目录

6 在Grid-Grid Box中，将spacing设置为1，调整Box center和Box size，打开conf.txt，将以下复制进conf.txt并将Box数据填入

center_x =
center_y =
center_z =
size_x = 
size_y =
size_z =

7 在Edit-Delete-Delete All Molecules-Continue删除分子

配体准备

1 将小分子3D构象的PDB/mol2文件拖入AutoDockTools框内

2 在Edit-Hydrogens-Add中直接点击OK添加全氢

3 在Ligand-Input-Choose中选择小分子

4 在 Ligand-Torsion Tree-Detect Root 检测扭转中心

5 在 Ligand-Torsion Tree-Choose Torsions 检查可扭转键是否正确

6 在 Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions 中点击Most atom后Dismiss

7 在Ligand-Output-Save as PDBQT中,重命名为ligand.pdbqt到工作目录

运行

1 在工作目录下摁住shift右键，选择在此处打开powershell窗口（win11为在此处打开终端），依次输入

cmd
vina --exhaustiveness 25 --receptor protein.pdbqt --ligand ligand.pdbqt --config conf.txt --out out.pdbqt

工作目录中的out.pdbqt即为输出的小分子构象