通用工具

相关工具知乎，哔哩哔哩都有很详细的教程，笔者打竞赛时也是摸索出来的，在此不再赘述。

各种奖项和要求的解释

由于每年奖项都有小变化，请直接去iGEM官网评奖页面以及judging book里查找。一般judging book中会对每个奖给出四句话的总结。。

Parts, module, Device&System

Parts是具有最基本生物功能的核酸或蛋白序列，例如启动子，终止子，RBS,TFBS等等，这是设计合成生物系统的基本单元 module是多个parts组合在一起行驶某一生物基本功能的序列，例如启动子-RBS-终止子就是一个启动子模块 device是将module在一定逻辑下拼装而成，在特定条件下行驶特定功能的遗传物质 system则是多个devices共同运作形成的复杂网络

建模和实验设计相关

Discovery Studio是非常好用的工具，可以很方便的用可视化的方式让你完成分子动力学模拟，分子对接，饱和突变等等各种功能。但是考虑其价格和安装难度，所以列出了如下的工具作为替代。

蛋白质设计

​如果你需要设计蛋白质或者活性位点，RFdiffusion是一个好选择。

基因序列查找

原论文及其补充材料，NCBI是好地方。直接通过Gene database寻找名称即可。如果找不到也可以尝试在文献的补充材料中寻找蛋白或基因序列。

蛋白与蛋白结构结构查找

优先选择Uniport数据库和论文补充材料，如果你的蛋白没人做过核磁或者XRD，可以去AlphaFold数据库看看有没有别人模拟的结果或者自己模拟。

蛋白质结构模拟

如果你找不到现成的数据：AlphaFold v2的模拟准确度较高，Google colab版本可以免费使用，也可以去各个超算平台租算力来跑。 Alphafold3可以直接去使用，免掉了v2 colab中的各种设置麻烦。

(20240512更新 AlphaFold v3已出。)

活性位点分析

核磁和XRD准确度最高，但如果你没钱或者不想点晶体，autodock-vina对接。也可再对接后使用MD模拟（如Gromacs）确定稳定性

注：小分子处理时请在pubchem上用3D结构跑，2D结构处理后可旋转bond会出问题

蛋白互作相关

蛋白互作可以使用alphafold3或pyDock

蛋白质pdb,pse文件查看，出图

pymol，可以申请免费的学术许可证，教程网上也比较丰富。YASARA，可以配合FoldX测量更多蛋白质参数。

DNA结构分析

3dDNAFold(Xiao Lab)

蛋白性质分析

FoldX，配合YASARA更方便，热稳定性，loop等都可以分析

对接，建模结果分析

Proteins plus ，可以预测蛋白质与小分子的活性中心，活性残基以及相互作用，通过相互作用可以进一步的分析如何优化和加强，以及酶活终止方式和测量方式的选择。 PLIP,可以分析蛋白质和小分子对接关系，3d出图很方便

PLIP,适合分析非共价相互作用

Discovery Studio,作图相对方便

数学建模

MATLAB，永远的神…可以配合simulink做各种系统的仿真，数学建模和仿真都很好用（

Excel，返璞归真，做图表很方便

引物设计与质粒构建

这里不讲如何设计，教程随便找个知乎写的都比我好（）厂家提供的引物计算工具是首选，结合cg和Tm可以自己略作更改。

SnapGene，真的好用,可以直接找到基因内的酶切位点方便筛选可用的酶切位点，设计引物时Tm的计算，CG%的计算也比较方便，并且可以通过模拟的方式直接模拟与质粒链接。可惜要付费（）

mFold，用于DNA和RNA的二级结构预测，可以更改环境，出图也比较美观，也有在线的免费服务器。

实验相关

实验教程 (我们正在准备制作实验教程wiki) 优先使用生产商和试剂盒中的说明书，此外，B站，知乎，丁香园和搜索引擎是个好东西。

你不知道要怎么做？

搜索引擎搜索你要达成的操作，找相关的论文或者技术简介，寻找类似方案，理解他们，然后对照自己的项目修改

经验，经费，场地？

高中组的学生一般需要和外部实验室合作完成实验，这个时候实验室的学长学姐就是你重要的经验来源。PCR，纯化等等实验考验操作手法，试剂配比需要经验，因此请时常聊天交流学术内容，有意想不到的收获（而不是去实验室拍照炫耀以及加帅哥微信（恼））。公共平台是个好地方，质粒转不进去？去公共平台搞个电转化，产物分不出来？公共平台荧光谱，光电谱，偶联检测，探针，成本低都试试。总之，公共平台的资源很丰富，多去问问合作实验室的师兄。

wiki&Video相关

wiki制作相关

Gitlab page给了你一个很好用的模板，readme中也提供了文档链接。一般来说，美化使用css即可，可以现在f12里加好，调试后再写入gitlab。此外，控制台请使用弹出窗口，响应式页面会受页面宽度影响。

使用markdown编辑器写wiki文章是个好习惯，可以引用igem upload中的图片，文字等。此外，直接导出html导出并给各个分级添加class即可完美嵌入页面，不需要手动加换行符和标题，表格兼容性也很好。

Gitlab page用vue还可以，此外建议好好改html界面，学html5和css不耗时间

使用iframe导入pdf格式的notebook可以防止出现外链引用导致不能过检测

让美工提供照片的时候提供拆分图层，要不然响应式不拆分要人命

Video相关

记得把intro视频算进正片时间，提前看好官网要求的项目横纵比，帧率，画质要求等

字幕生成软件识别英文不一定准，可以考虑把稿子分好后使用讯飞之类的工具对时间码

提前上传，最后巨卡无比